物流運輸業一向為巴拿馬重要的經濟支柱之一，依據巴國審計部統計局之資料顯示，去(2012)年巴國物流運輸業較前(2011)年大幅成長近10%，包括空運、港口及運河服務等均表現亮眼。隨著巴拿馬運河拓建工程完工時程日近，著眼於巴國日後可望大幅增加之物流運輸量，包括UPS等多家大型國際物流運輸相關廠商已計劃在巴國設立區域營運總部。

依據巴國海事局(AMP)資料顯示，2012年巴拿馬全國港口貨櫃總裝卸量達680萬TEU(Twenty-foot Equivalent Unit)，較2011年成長3.4%，惟僅達原預估成長率6.9%之一半，主要原因為2012年10月巴國政府擬出售箇郎自由貿易區(Colon Free Zone)土地，箇郎地區民眾群起抗爭並爆發警民流血衝突，致使港口及鐵路運輸癱瘓。惟巴國政府亦藉此危機了解確保貨物運輸流暢之重要性，並將積極面對哥斯大黎加、哥倫比亞、巴哈馬及牙買加等區域內其他致力發展物流運輸業國家之挑戰。

2012年香港和記黃埔集團所屬巴拿馬港口公司(Panama Port Company) 所經營之太平洋岸Balboa港碼頭貨櫃裝卸量為全國最高，達323萬TEU，佔全國之47.4%。大西洋岸之美商Manzanillo International Terminal(MIT)碼頭貨櫃裝卸量則達206萬TEU，佔全國之30.0%。同屬和記黃埔集團之大西洋岸Cristobal港碼頭裝卸量則為85萬TEU，佔全國之12.0%。我國長榮集團所屬大西洋岸箇朗貨櫃碼頭公司(CCT)，去年貨櫃裝卸量則達61萬TEU，較前年成長24%。甫於去年2月份開始營運之太平洋岸PSA Panama碼頭，全年之裝卸量則為5萬TEU。